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Nel luogo della chiesa, angolo boreale di piazza Farnese, dedicata al nome della santa principessa svedese, esisteva la casa in cui Santa Brigida dimorò e morì nel 1373 e nella quale aprì un ospizio per i suoi connazionali.
La chiesa fu edificata nel XIV secolo sotto il papa Bonifacio IX che canonizzò Santa Brigida, e fu restaurata nel 1513. Con l’avvento del luteranesimo, la chiesa rimase abbandonata, finché, sotto Paolo III, venne occupata da Olao Magno, vescovo di Uppsala. Giulio III destinò l’ospizio e l’annessa chiesa alle convertite, che vi dimorarono fino a Pio V.
Nel Settecento la chiesa fu completamente ricostruita a navata unica. Attualmente, la chiesa di Santa Brigida è la chiesa nazionale degli Svedesi.