Ciao stai facendo un po' di confusione
Innanzitutto metti gli iso al minimo...Poi metti la macchina su un treppiede solido. Queste sono secondo me le basi di una buona foto notturna. La messa a fuoco o la fai a mano su un soggetto da te reputato interessante (se ce la fai al buio)...altrimenti metti a fuoco manualmente su infinito o poco meno di infinito (in foto come questi tuoi panorami). Poi, sulla macchina, tieni settato il noise reduction per pose lunghe attivato.
Per i diaframmi ti consiglio di stare sugli f/8 per panorami come questi, come hai fatto nel primo caso. A f/4 hai poca profondità di campo nitido e poi sul 18-55 a quel diaframma la qualità d'immagine non sarà mai decente
Ho avuto questo obiettivo e la qualità ottica è quella che è...
Altra cosa importante...se l'esposizione con iso minimo ti da un tempo più lungo di 30", devi ricorrere alla posa bulb, ma in tal caso o compri un telecomandino/cavetto per lo scatto remoto (non conosco la D40) oppure ti tocca alzare gli iso e in tal caso la grana aumenta.
Ultima cosa...spesso è difficile inquadrare al buio e il rischio di avere orizzonti storti ed altri errori di inquadratura è alto. Se in casa hai una piccola livella da muratore puoi usarla per raddrizzare la macchina anche al buio....Io ho una piccola bolla-livella in formato portachiavi che ho usato per un breve periodo....poi mi sono preso la bolla da attaccare alla slitta del flash (un accessorio che uso parecchio)
Spero di essere stato d'aiuto...Comunque le tue due foto non sono male...anzi!Sono correttamente esposte e abbastanza nitide...