Con D800, alcuni utenti hanno, in passato, riscontrato alcuni problemi utilizzando il Nikon Transfer per importare le proprie fotografie.
Onestamente,, non si è capito il perchè od il per come, non ho idea se l'ultima versione abbia risolto (
View NX2 rel. 2.6.0), eventualmente, se non l'hai già fatto, scarica ed installa la versione che ti ho linkato.
Il difetto che veniva riscontrato, però, non era quello che citi tu.
Intanto prova a vedere se nelle opzioni del programma c'è da mettere qualche segno di spunta da qualche parte per l'acquisizione di entrambe le estensioni (da quanto dici, scatti NEF+JPG).
Ciao e buon anno,
Alessandro.