Ciao Nico,
le mie indicazioni (spero corrette) si riferiscono all'apertura di un file NEF direttamente da Photoshop. Non valgono quindi nel tuo caso in cui apri da Photoshop dei file JPEG.
Se apri un NEF da Photoshop puoi usare "Camera Raw" (prodotto Adobe installato con PC nelle versioni dopo la 7) oppure il plug in "Nikon NEF Plugin.8Bi" fornito con Capture che, per essere utilizzato, deve essere copiato nella opportuna cartella dei plug-in per sostituirsi al Camera Raw.
Entrambi i sistemi permettono di aprire direttamente un NEF (anche a 16 bit per canale) in Photoshop permettendo inoltre di non effettuare due salvataggi in JPEG (è sconsigliato perchè ad ogni salvataggio si persono informazioni a causa della compressione "con perdita di informazioni" tipica del JPEG).
Come dicevo, il "problema" lo rilevo aprendo un NEF in Photoshop tramite il plug-in fornito da Nikon, in sostituzione del "Camera Raw" di Adobe.
Spero di essere stato maggiormente chiaro ma, principalmente spero che tali condizioni, non siano frutto del solo mio PC!
Ciao e grazie!